按照要求，水果要存放入监管冷库，按照标准，水果一般放在温度保持在3℃-6℃、相对湿度75%-90%的保鲜冷库中。检疫人员会用专用小电筒照明查看水果外形表皮等情况。剖果环节，主要是观察进口水果的整体形态、内部结构是否完好，若发现活体幼虫，虫子爬过的痕迹、通道，以及虫粪和其他虫害印迹，水果将送至养虫室培养。
如果水果剖开发现可疑疫情，还要送到镜检室放在显微镜下进一步检疫，确定水果是否携带病菌等。在养虫室内，有虫害的水果会被放入一个玻璃门的隔离舱里，里面的温度、湿度都可调节到适宜虫子生长的环境，检疫人员会观察、鉴别虫害的种类和级别。最终，合格的水果将从指定进境口岸装车分散运往各地市场销售。检验检疫不合格的，将由运营单位联系专业的公司，进行熏蒸处理（检疫处理方式包括冷处理、熏蒸、更换包装、销毁、退运）。这个严格的“后台”，成了保障进口水果食品安全的一道闸门。
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