1.非特异性扩增带

PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：

一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。

二是Mg²⁺离子浓度过高、退火温度过低，及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。

其对策有：必要时重新设计引物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性，65℃左右退火与延伸)。

2.片状拖带或涂抹带

PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。

其原因往往由于

（1）酶量过多或酶的质量差

（2）dNTP浓度过高

（3）Mg²⁺浓度过高

（4）退火温度过低

（5）循环次数过多

其对策有：

（1）减少酶量，或调换另一来源的酶

（2）减少dNTP的浓度

（3）适当降低Mg²⁺浓度

（4）增加模板量

（5）减少循环次数